De St.-Bonifaciuskerk is een typisch ontwerp van Margry. Dat is onder meer te zien aan de veelvuldige toepassing van het “zaagtandmotief”, dat hij toepast in het lijstwerk, b.v. als ondersteuning van de dakgoten en de overgang van de muurvlakken naar het gewelf. Het door Margry vaak toegepaste houten tongewelf met de typische beschilderingen van o.m. luchtroosters, is ook in de St.-Bonifaciuskerk aanwezig. De pilaren zijn kort en worden bekroond door bewerkte kapitelen.
Het interieur van de St.-Bonifaciuskerk, Alphen aan den Rijn in 2020.
Van binnen wekt het gebouw de indruk dat we te maken hebben met een zogenaamde pseudo-basiliek. Bij dit type kerk rijst het middenschip uit boven de zijbeuken doch bovenin de middenbeuk zitten geen ramen voor de lichtinval. De zijbeuken zijn voorzien van stenen gewelven. De aanvankelijk witgepleisterde kerk is in de loop van de jaren geheel voorzien van afbeeldingen met bijbelse en typisch rooms-katholieke geloofsuitingen. Voorts zijn muren en pilaren ook geschilderd, liever gezegd gepolychromeerd. In alle gevallen is volop gebruik gemaakt van de schildertechniek waarbij men door middel van sjablonen voorstellingen en figuren aanbracht. De in de Bonifaciuskerk toegepaste beschilderingen zijn typerend voor een neogotisch interieur.
Het zonlicht valt fraai door de veelkleurige glas-in-loodramen van de zuidelijke zijbeuk.
In verband met de bijzondere aspecten van de hedendaagse vieringen is het interieur van het kerkgebouw in 2010 opnieuw ingericht. Daarbij is met grote zorgvuldigheid rekening gehouden met de waardevolle monumentale elementen in de binnenzijde van het gebouw. Daarnaast is de verlichting en de verwarming gemoderniseerd en is een toiletruimte gerealiseerd.