Architekt van het kerkgebouw (1886) was de heer Margry, geboren te Harderwijk en leerling van de bekende architect Cuypers die de school van de Franse neo-gotiek aanhing. De Bonifaciuskerk is een typisch voorbeeld van deze neo-gotische school, samenvallend met de 19e eeuwse romantiek.
Architect Margry werkte vooral voor het bisdom Haarlem en bouwde ongeveer 30 kerken in deze regio.
Kenmerken van de stijl van deze architect zijn o.a. de toepassing van het "zaagtandmotief" als ondersteuning van de dakgoten en de van de overgang van de muurvlakken naar de gewelven. Een ander kenmerk is het houten tongewelf met de daarop geschilderde luchtroosters.

Gebruikelijk was dat kerken met de ingang naar het westen werden gebouwd zodat de priester aan het altaar naar het oosten stond. Dit omdat de Verlosser en de Wijzen uit het oosten komen. Met déze kerk is het andersom omdat het dorp aan de oostkant van deze locatie ligt en een westelijke ingang vanuit de weilanden niet bereikbaar zou zijn.

Zowel van buiten als van binnen wordt de indruk gewekt dat de Bonifaciuskerk een basiliek is doordat aan de buitenkant aan de voorgevel allerlei torentjes gebouwd zijn die karakteristiek zijn voor basilieken. Want in Alphen wilden de katholieken ook nadrukkelijk laten zien dat "ze ook weer meetelden". Maar als men achter de voorgevel kijkt ziet men een strak dak zonder hoogteverschillen en bovendien zijn er in ee basiliek boven het middenschip ramen voor de lichtinval en die ontbreken bij de Bonifaciuskerk.

De kerk is in amper anderhalf jaar tijd (!) gebouwd door aannemer Moons uit Berkel en de aanneemsom was fl. 85.985,-